Výtvarně nadaný chlapec z úřednické rodiny vystudoval německou reálku v Praze, pak Školu architektury na ČVUT u prof. Kouly, Šulce a Balšánka, absolvoval v roce 1913. Aktivně se zájímal o historickou architekturu Prahy, fotografoval, kreslil, dokumentoval a zaměřoval.

S arch. Jiřím Krohou se podílel na přípravě jeho výstavy v Domě umělců v Praze roku 1920. Oba architekti pracovali v atelieru v Karlíně, spolupracovali na mnoha soutěžních návrzích s arch. Novotným, Janákem, Kvasničkou. Také publikovali své práce a návrhy v časopisech Styl, České slovo, Časopis čs. architektů, Architektonický obzor. Od 30. let pracovali samostatně.

Mezi Hniličkovy realizace staveb patří část vilové zástavby Ořechovka, Domovy Starodružiníků v Dejvicích, vilová kolonie Šumava na Smíchově, vila primária Českého kvarteta prof. Karla Hoffmanna v Praze–Podolí, státní domy v Semilech, Bílině, v Praze Dejvicích, Vinohradech a na Palmovce. K výstavbě prvorepublikových Masarykových škol se přidal realizacemi v Mariánských Lázních, Lubenci, Novém Sedle, Rudolicích. Pro soukromou výstavbu navrhl vily v Praze na Smíchově, ve Strašnicích, na Zbraslavi, v Dolanech u Kralup, v Senohrabech.

Speciální zakázkou byly stavby hotelového multifunkčního typu YMCA s bazénem a tělocvičnou v Praze Na Poříčí, v Banské Bystrici a Znojmě z 30. let 20. století. Z technických staveb jsou důležité hangáry letiště Ruzyně ( s arch. Hruškou a Slámou), usměrňovací stanice Elektrických podniků hl. m. Prahy v Praze Libni a návrhy výstavních pavilonů firmy Sigma pumpy Sigmund.

Velmi se věnoval práci ve výboru Klubu za Starou Prahu, kde jako ilustrátor a fotograf spolupracoval na sbornících a knihách s Dr. Pochem, Wirthem, Merhoutem a přítelem arch. Hübschmannem. Dále se věnoval grafické práci s tématikou Prahy, přírody a ochrany památek, drobné grafice, PF, ex libris. Od roku 1912 spolupracoval jako grafik s bratrem své ženy – Emilem Pacovským, výtvarným teoretikem a vydavatelem, na grafické edici Veraikon. Jeho dobře zařízenou grafickou dílnu používal i kolega arch. Jan Kotěra, v jehož technickém atelieru pracoval Hnilička v letech 1915–1918. Jeho velké olejomalby jsou převážně s tematikou Skochovic, letního sídla jeho rodiny.

Byl dvakrát ženat. Dvě ze tří dcer, Květa Radová a Eliška Kafková, byly profesionální výtvarnice.

Eduard Hnilička zemřel v roce 1967 a je pohřben na Olšanských hřbitovech v Praze. Jeho pozůstalost je uložena v Archivu architektury a stavitelství Národního technického muzea v Praze.