Ministerská rada dne 20. prosince 1923 rozhodla o jmenování Prokeše vládním komisařem. Po obecních volbách se 9. března 1925 stal starostou Moravské Ostravy. Podpořil velkorysou výstavbu města a rozsáhlou modernizaci komunální infrastruktury, byť za cenu masivního zadlužení. Ačkoliv se s jeho jménem pojí např. stavba krematoria či rekonstrukce ústředních jatek, nejdůležitějším a nejznámějším stavebním objektem jeho éry je Nová radnice, sídlo ostravského magistrátu a největší radniční budova v České republice.

Svou pozornost zaměřoval na zlepšení městských komunikací, podporoval výstavbu nových školních, zdravotnických a kulturních zařízení. Soustavně se věnoval sociální a zdravotní péči, zejména pak péči o nezaměstnané a jejich rodiny. Dosáhl toho, že téměř celé město bylo napojeno na vodovodní a kanalizační síť, z jeho popudu byly rozšířeny vodárny a nalezeny nové zdroje pitné vody. Velké investice byly vloženy do komunikací, oprav chodníků apod., byl iniciátorem velkorysé bytové výstavby.

Jan Prokeš prosadil získání budovy pro Moravskoslezské národní divadlo, právě on byl největším zastáncem výstavby Domu umění. Za jeho působení získala městská knihovna své sídlo v křídle paláce nové městské spořitelny.

Předsedou správní komise, vládním komisařem a starostou Moravské Ostravy byl až do roku 1935, kdy se ze zdravotních důvodů vzdal další kandidatury. Zemřel po dlouhé nemoci 11. prosince 1935 na srdeční mrtvici. Za jeho celoživotní zásluhy o rozvoj města mu Ostrava vystrojila velkolepý pohřeb. S oblíbeným starostou se přišlo rozloučit sto tisíc občanů.
Jeho zásluhy připomíná náměstí před ostravskou Novou radnicí, které se již od roku 1930 na jeho počest nazývá Prokešovo. V roce 2008 mu byla ve foyer budovy Nové radnice odhalena pamětní deska.

Zpracováno s využitím informací webových stránek Ostrava 2015 a Wikipedie